Neuf ans ont passé et le docteur Tenma en vient à regretter d'avoir sauvé le jeune garçon. Lentement, avec l'aide d'un journaliste, il comprend que le serial-killer qui a tué des couples d'âge moyen sans enfant est certainement le jeune Johann, qui est devenu Monster. Johann avait une soeur jumelle et Tenma doit la retrouver pour la protéger de son frère.
Ce manga mêle intrigue policière, roman psychologique et thriller. L'auteur a également tenu compte des chamboulements politiques de l'Allemagne à cette époque, ce qui en fait aussi un document historique.